כאשר פנו אליו אנשי יפו בהשתדלותו של הרב יואל
משה סלומון לכהן שם כרב,
מיהר להגשים
את חלומו ולעלות ארצה.
בכ"ח אייר תרס"ד (1904) ירד לחופי הארץ ומיד
נתמנה גם לרב של יפו
והמושבות החדשות.
בקבלת הפנים שנערכה לו נשא
את נאומו הפומבי הראשון בא"י בעברית,
מעשה שהרשים מאוד את מקבלי פניו.
תקופת יפו הייתה התקופה הפוריה ביותר בכתיבתו,
למרות שזו פורסמה
רק לאחר מכן,
ובה נכתב החומר לכמה מהיצירות החשובות שלו-
אורות,
אורות הקדש, עולת ראי"ה ועוד.
היה הראשון מבין הרבנים שנתוודע לאכרי יהודה
ולחלוצי ההתיישבות,
דאג להסדר עניני הדת ולקיום המצוות התלויות
בארץ;
תרומות, מעשרות ושמיטה. השנה השישית לעלייתו
ארצה היתה שנת
שמיטה. בהתחשב בנסיבות, וחרף התנגדות חלק
מהרבנים בארץ, תמך
הרב בהסדר של מכירת הקרקעות והנטיעות לשאינם
יהודים, כדי
להתיר הלכתית את המשך העבודה החקלאית ביישובים
היהודיים.
מפורסם הוא "מסע התשובה" אשר בו יצא הרב
עם חשובי רבני א"י למושבות
הגליל ולקיבוצים
כדי לחנך לשמירה על מצוות בחיי היום-יום.
מסע זה, שהרב קוק יזם אותו ועמד בראשו,עשה בשעתו רושם רב וסייע
לגשירת גשר על
פני תהום שנפערה בין חלקי העם.
בשנת 1914 יצא לכנס העולמי של אגודת ישראל
בשוויץ ונתקע שם בשל
פריצת מלחמת
העולם הראשונה.
כעבור שנתיים ניאות לכהן כרבה
של קהילת "מחזיקי הדת" בלונדון, בתנאי
שישתחרר מכהונתו כשתתאפשר שיבתו
ארצה.
בלונדון עסק בפעילות ציבורית למען
יהודי אירופה וארץ-ישראל, ואף תרם לשכנוע
ממשלת בריטניה בזכות הצהרת בלפור.
בשנת תרע"ט(9191) חזר ארצה בעקבות
הזמנה לכהן כרבה הראשי של ירושלים
בהמשך כונן את מוסד הרבנות הראשית, שבה ראה
שלב ראשון ליסוד
הסנהדרין,
והיה הרב הראשי האשכנזי הראשון של ארץ ישראל
(1921).
באותה שנה, ייסד ישיבה בירושלים ששמה הוא
"הישיבה המרכזית העולמית"
או בקיצור"מרכז הרב", ישיבה שבה לומדים כיום מאות
תלמידים, ובה נוצר
הגרעין הראשוני של
התנועות "גוש אמונים" - לקידום מפעל ההתנחלות,
ו"אל עמי" - לשיבת יהודי רוסיה.
מתקופה זו ועד למותו מיעט יחסית ביצירה חדשה
ופעל יותר בשדה הציבורי,
שבו מלבד הקמת הישיבה ניסה לייסד ללא הצלחה
מרובה תנועה רוחנית
בשם דגל ירושלים,
להשלמת הצדדים הרוחניים שבתחיה הלאומית,
פעל
למען כלל הישיבות והגיב למעשיהם
והחלטותיהם של הבריטים.
ייסד את מכון "הלכה ברורה", העוסק בכתיבת
וחיבור הפסיקה ההלכתית
של התלמוד,
עבודה שעסק בה רבות, ושראה בה בנין התורה
לדורות.
נודע בעמידתו האיתנה למול ממשלת המנדט הבריטי
בארץ ישראל כמו
למשל
בשאלת זכותו של עם ישראל על הכותל המערבי.
לאחר רצח חיים ארלוזורוב, ראש המחלקה המדינית
של הסוכנות היהודית,
שניהל ב1933,
משא ומתן עם הנאצים להצלת יהודים, יצא הרב קוק
להגנת הנאשמים, ובראשם אבא אחימאיר
ראש תנועת ברית הבריונים, וטען שאין ראיות
ממשיות לכך שהם ביצעו את
הרצח, ואסור
להוציאם להורג רק בגלל שהם נחשדו.
התנגדותו לאוירת הלינץ' הציבורי עלתה לו
בפופולריות שלו, והיו אף שכתבו
כתובות נאצה
על חומת ביתו בסגנון "אוי לדור שכהניו מגינים
על רוצחיו".
יש טוענים שפרשיה זו וההתנגדות הגדולה שלה
זכה, בציבור שכה אהד,
קיצרה את ימיו.
הרב קוק נפטר ממחלת הסרטן בגיל שבעים ביום ג'
באלול תרצ"ה (1935),
והובא למנוחת עולמים בהר הזיתים בירושלים.
השאיר אחריו שתי בנות ובן: הרב צבי יהודה קוק
יורשו הרוחני וממשיך דרכו.
(לאחר ששיכל בת בצעירותה).
על
שמו:
מושב כפר הרוא"ה שבעמק
חפר.
לאחר מותו ביתו שבירושלים שוּמר והפך להיות
מוזיאון בית הרב קוק.
כמו כן, הקים הרב יהודה לייב מימון מכון
ליהדות והוצאת ספרים על שמו
בירושלים
בשם מוסד הרב קוק.
על שמו שבט הרוא"ה (שכבת גיל של כיתה ח'),
בתנועת בני עקיבא.
אישיותו ופועלו
הרב קוק נחשב להוגה דעות מעמיק, מקורי, נועז
ודיאלקטי, שינק את השקפותיו
מספרות ישראל לדורותיה ומעולם המחשבה הכללי,
ומיזג את התנ"ך, התלמוד,
מחשבת ישראל והקבלה ובמיוחד של האר"י, עם
התפיסות החדשניות של העולם
הפילוסופי והמדעי של תקופתו, לכלל תורה רוחנית
אחת. כך למשל בניגוד לאחרים,
לא ראה כל בעיה בקבלת תורת האבולוציה ואף טען
שהיא עולה בקנה אחד עם מושגים
קדומים המופיעים בתורת הקבלה .
רוב כתביו לא נכתבו באופן מאורגן ושיטתי, אלא
בכתיבה שוטפת, ספונטנית ואף ספורדית,
שלאחר מכן תלמידיו ארגנו וסידרו למשנה
כוללנית.
לציון מיוחד ראויה אישיותו. מבחינה זו בלט
כדמות בעלת שאר רוח יוצא דופן.
אישיותו הקורנת והאצילית שבה ועולה בעדויותיהם
של אנשים שונים שפגשו בו.
היה למעשה האידאולוג הדתי והתיאולוג של
הציונות, שראה בה פעמי משיח וקץ הגאולה,
ועודד את מפעליה כרבי עקיבא שעודד את בר כוכבא
בשעתו.
אף שהיה חרד מנטייתם של צעירי הציונות
לחילוניות ולעזיבת הדת, אהבם ותמך בהם רבות,
ואף ביקש ל"חטוא" באהבת חינם כלפיהם.
בתקופה שהיה רב ראשי בירושלים, יזם מספר של
מסעות של למושבות ולקיבוצים בעמק יזרעאלובשפלת החוף במטרה להקשיב ולחזקם מורלית
ורוחנית.
ראשי היישוב ואנשי רוח והגות כברל כצנלסון,
ברנר, ביאליק ובמיוחד אז"ר ועגנון כיבדוהו
ושמרו
על ערוצים פתוחים אתו.
ידוע סיפורו של הצייר נחום גוטמן על ברנר
ביפו, ששומר מרחק מהרב קוק ופמלייתו,
אבל מאחור מהלך בתוך עקבותיו של הרב קוק.
החרדים התנגדו לו בשל דעותיו החדשניות
והלאומיות, ואף שהעריכוהו כחכם גדול בתורה,
הכריזו עליו מלחמה רוחנית גדולה, וטענו שהוא
טועה בדעותיו, מלחמה שסבל ממנה עד ימיו
האחרונים.
בית הרב קוק